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• 창건설화는 송고승전(宋高僧傳)에 전하여 지는데 당시 동래 척판암에 주석하시던 원효성사께서 당나라 종남산 운제사(終南山 雲際寺)에 수도하던 천명대중이 뒷산이 무너져 위급한 사고를 당할것을 미리 아시고 "해동원효 척판구중(海東元曉 拓板救衆)"이라고 판자에 써서 운제사 상공에 날아다니게 했다.
  
  대중이 공중에 뜬 판자를 보고 놀라 일주문 밖으로 나온 순간에 산사태가 나서 절은 무너져 버리고 대중은 모두 위기를 모면했다고 한다.

그 후, 구출된 천명의 대중은 도를 구하여 성사를 찾아왔으므로 성사는 그들을 데리고 머물곳을 찾아 남쪽으로 내려오다가 중방리(지금의 용연리)를 지날적에 원적산(圓寂山) 산신령이 마중 나와 "이 산에 천명이 득도할 곳이니 청컨데 이 곳으로 들어와 머무소서" 하니 성사는 산신령이 인도하는 바를 따라 지금의 산령각 입구 까지 온 즉 원적산 산신령은 자취를 감추었다.

그래서 그 자리에 산령각을 짓게되어서 유독 내원사 산령각은 큰절에서 5리 밖에 떨어져 있게 되었다.성사께서 왼쪽 계곡을 따라 들어와서 대둔사(大屯寺)를 창건하고 상, 중, 하 내원암과 아울러 89개의 암자를 창건하시어 천명의 대중을 머물러 수도케 하였다.

그리고 대중을 산 상봉에 모이게 하여 "화엄경"을 강설하였으므로 지금도 그곳을 화엄벌이라 하며, 988명이 이 산에서 득도하였고 나머지 12인중 8명은 팔공산(八公山)에서, 4명은 사불산(四佛山)으로 가서 도를 깨달았다하여 이후로 원적산을 천성산(千聖山)이라 부르게 되었다. 창건 후 고려시대의 사적은 전하는 바가 없다.

남아있는 문헌에 보건대 조선 인조대왕 24년 병술년에 의천대사가 중건하고 헌종대왕 12년 병오년에 용운화상이 3차 중건하고 고종황제 13년 병자년에 해령화상이 4차 중건하였다고 되어있다. 그러나 1950년 민족의 비극인 6 25사변이 발발하자 산중에 남아있던 공비들의 방화로 사원이 전소되니 내원사는 또 다시 빈터만 남는 비운을 맞았다.

1955년 9월 비구니 정수옥스님이 주지로 취임하여서 비구니들을 위한 선원을 짓기로 서원을 세웠다.

그리고, 1957년 2월 18일에 전후의 어려움 가운데에 중창불사를 시작하였고 1959년 3월 29일에 선방인 선해일륜(禪海一輪)을 낙성하고 동국제일선원을 개원하게 되었다. 기나긴 세월의 풍화작용속에 대둔사, 상 중의 내원암과 89개의 암자는 조선중엽쯤 이미 거의 다 폐허가 되고 없었으니, 마침내 적막한 천년사지에 새로이 향화를 받드는 감회어린 순간이었다. 수덕사 견성암에 이어 남방에서도 비구니들이 참선수행토록 그 기틀을 다지게 되었던 것이다.

옛 하내원인 지금의 내원사는 선나원, 정려헌, 죽림원, 원화당, 간월당, 심우당, 산령각, 일주문등 13동에 달하는 불사를 계속하여 비구니 선찰로써 사격을 갖추어 나갔다. 또한, 산내 암자로는 금강암, 금봉암, 노전암, 비로암, 성불암, 안적암, 익성암, 조계암 등이 남아 있다.
비구니 수옥스님 이후, 성우, 혜운, 종현, 자광, 향엄, 혜등, 승혜, 지형, 진성스님등이 차례로 주지를 역임하셨고, 현재는 아용스님이 주지 소임을 살고 계신다.

그 옛날 천명의 성인이 배출되었던 이 산중은 오늘날 부처님의 혜명을 잇고자 각고의 정진을 아끼지 않는 무수한 눈 푸른 납자들의 깃드는 바가 되었으며, 신심있는 선남 선녀들의 참배의 발길이 끊이지 않고 있다.